臺灣近年河川管理觀念已轉變為要求提升河川之環境品質、資源利用及環境生態之永續發展為目標，故本計畫以花蓮溪流域為範圍，分兩年度完成花蓮溪10條主次支流之河川環境管理規劃，作為訂定河川環境管理計畫之基礎，供水利署第九河川後續執行河川環境管理之依據。

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本計畫第一年度(108年)已完成木瓜溪、馬太鞍溪、光復溪、南清水溪、馬佛溪等5條支流之河川環境管理規劃，其係先訂定河川環境管理之願景，並針對水質、水量、河川地貌與土砂、水域生態及土地使用等五大面向探討可能遭遇之課題，再就各面向訂定管理目標、基本方針及行動措施，以達成設定之願景。此外，就生態環境、防洪安全、空間使用等三個面向訂定評量指標，並針對各流域評估其河川環境，完成河川環境管理使用分區劃設，以木瓜溪劃設成果為例，整體灘地面積共324.72公頃，全河段分區劃設成果為：生態保護區128.05公頃，環境教育區89.19公頃，自然休閒區17.61公頃，農業生產區55.02公頃，防災管理區34.86公頃；另配合考量國土計畫與相關法令之前提下，訂定各使用管理分區之使用準則與限制事項，希冀以其作為河川環境管理准駁之依據。最後，因河川環境管理涉及河川區域內的土地之利用，與各相關單位與在地居民有極大關連性，故本計畫亦辦理多場平台會議向相關單位、NGO組織、在地居民及部落等說明重要內容，取得共識，俾利河川環境管理之推動。